Da ja echt nicht mehr viele Tiere übrig sind, sollte das in der Mörtelwanne klappen.
Wenn der Filter eingebaut ist, wird es insofern schwierig, als dass dir die Filterbakterien nach 2 Stunden stillstand anfangen abzusterben.
Sofern es keine andere Möglichkeit gibt, würde ich die Filterschwämme in Aquarienwasser lagern und wenn das Becken fertig ist nicht zu gründlich auswaschen und wieder in den Filter packen. Am Anfang wirst du sicher auf Nitrit schauen müssen. Ich glaube nicht, dass man 100% verlässliche Angaben machen kann, wieweit du mit den üblichen Startschwierigkeiten rechnen misst. Ich würde schätzen, dass das Nitrit, sofern welches entsteht, aufgrund noch vorhandener Bakterien, schneller zurück geht. Im Idealfall hast du gar keine Probleme. Ist, denke ich, stark davon abhängig, wie schnell du fertig wirst.
Mein Tipp: Hardscape schon mal im „Sandkasten“ zusammenbasteln, wenn es dir gefällt fotografieren. Dann erst Becken leer machen. Das dürfte einiges an Zeit sparen!