Biofilme bestehen neben den Mikroorganismen aus Zucker, Fetten und Eiweißen, welche von den Bakterien im Biofilm gebildet werden. Sie haben keine einheitliche Zusammensetzung sondern bilden sich entsprechend dem Nahrungsangebot für die entsprechenden Mikroorganismen. Daher wird empfohlen, diese Mikroorganismen und Bakterien im Aquarium von Anfang an mit Staubfutter/Puderfutter zu füttern. So entwickeln sich die "guten" Bakterien und die Schadorganismen werden verdrängt. Der Einsatz von Bakterienpräparaten wie beispielsweise Microbe Lift Special Blend [1] kann die positive Entwicklung unterstützen. Eine gute Gemeinschaft von Bakterien und Mikroben bildet eine starke Konkurrenz zu schädlichen Keimen, was letztlich den Tieren und Pflanzen im Aquarium zugute kommt.
Die Bakterien im Biofilm sorgen dafür, dass die Schadstoffe im Aquarium abgebaut werden. Siehe dazu auch den Beitrag Stickstoffkreislauf.
Biofilm bildet sich auch als Bakterienbelag (auch genannt Bakterienrasen) auf den Wurzeln neu eingerichteter Aquarien. Er verschwindet von alleine, wenn die Nährstoffe an der Wurzel verbraucht sind.
Unter bestimmten Bedingungen können Bakterien ausschwärmen und somit zu einem Anstieg der Bakterienzahl im Freiwasser führen. Dies wird erkennbar durch eine weißliche Eintrübung des Aquarienwassers und wird als Bakterienblüte bezeichnet. Weiter Information dazu im Beitrag Bakterienblüte.